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利用454测序技术进行HIV耐药检测可提高灵敏度

2018-11-21 20:20:31

HIV耐药性是指病毒对某种药物敏感性降低,在某些核酸类药物抑制下,病毒可通过自身基因突变获得对这些药物的抗药性,而当有抗药性的病原微生物再传染他人时,即可对这些药物产生抗药性。由于HIV繁殖存在错误率高的逆转录这一独特的复制过程,因此在药物治疗中也易出现耐药性。当前,HIV耐药株已成为医学界面临的一个新挑战。

HIV耐药检测可用于HIV感染的辅助诊断、病程监控、指导治疗方案及疗效判定、预测疾病进展等。传统的基因型检测方法是将HIV病毒的Pol基因区(蛋白酶区和逆转录酶区)序列进行反转录扩增,通过Sanger测序技术获得序列信息,与全球HIV耐药基因数据对比分析耐药位点,得到耐药结果。这种检测方法只能看到高于20%含量的耐药位点突变情况,而且不能进行定量检测。

近期,有研究者们利用GS Junior平台一次性检测10个HIV临床样本,这些病人之前用传统技术诊断过,有9名发生了耐药突变,另外11名没有发生耐药突变。结果在11人中的6人检测结果里发现了新的低频耐药突变,发现的低频耐药突变种类高达50种。

该研究充分说明,利用454深度测序技术可以达到传统检测方法无法检测的灵敏度,除了可以进行定量检测耐药位点突变情况外,还可检测低至1%的突变情况,从而为HIV治疗提供了更加准确的信息。该研究成果也发表在2013年1月的《临床微生物学》杂志上。

参考文献:

J Clin Microbiol. 2013 Jan aluation of a Bench-Top HIV Ultra-Deep Pyrosequencing Drug-Resistance Assay in the Clinical idor B, Girshengorn S, Matus N, Talio H, Achsanov S, Zeldis I, Fratty IS, Katchman E, Brosh-Nissimov T, Hassin D, Alon D, Bentwich Z, Yust I, Amit S, Forer R, Shultsman IV, Turner D.


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